Nautilus
GNOME Files, anteriormente e internamente chamado Nautilus, é o gerenciador de arquivos oficial do ambiente de desktop GNOME, funcionando principalmente para sistemas operacionais Linux. GNOME Files é licenciado sob os termos da GNU Lesser General Public License e é software livre. Wikipédia
Porque o Nautilus não abre ?
O culpado é o indexador de arquivos tracker, ele geras os .db danificados, o Nautilus tenta ler esses arquivos, não consegue e não abre.
Resolvendo o problema
Precisamos apagar as configurações do tracker para que ele gere novas e funcionais, para isso de os comandos no terminal como usuário comum, não use o root.
rm -rf ~/.cache/tracker/
Reinicie o computador.
systemctl reboot
Caso o problema não seja resolvido, você deve remover o nautilus e reinstalar.
Remova com o comando abaixo.
sudo apt remove --purge nautilus*
Remova os resíduos e dependências.
sudo apt autoremove
Reinstale o Nautilus.
sudo apt install nautilus
Apague o cache do tracker.
rm -rf ~/.cache/tracker/
Reinicie o computador.
systemctl reboot