O boot por .iso no Gnome Boxes em uma maquina virtual com sistema instalado é desativado por padrão, confira como habilitar esse boot.

Habilitar menu de boot no Gnome Boxes

Ter o menu de boot do Boxes ativo é útil para dar boot usando uma .iso em uma maquina virtual já criada que tem o boot por cdrom desativado por padrão.

Com o seu sistema virtualizado desligado de click direito nele e em seguida em "Preferências".

Click em "Editar configurações".

Localize

<bootmenu enable="no"/>

Altere para.

<bootmenu enable="yes"/>

Salve e feche o arquivo de texto.

Vá na aba "Dispositivos & Compartilhamentos" e adicione uma .iso em Unidades de cdrom ... Feche.

Ao iniciar o sistema virtualizado será exibida a mensagem para teclar ESC para o menu de boot.

Ai está o menu de boot, ao teclar 3 o boot será iniciado pela .iso.

Boot pela .iso.